这个古村落在历史上没有任何的记载，它位于塔克拉马沙漠腹地，而塔克拉马沙漠有着"死亡之海"的称号。光听名字就让人望而生畏，这个地方却隐藏着一个美丽的"世外桃源"，它的名字叫牙通古孜，在维尔维语中的意思是"野猪出没的地方"。这里的居民是千年前迁入沙漠的，据传当时伊斯兰教从阿拉伯半岛向东方的西域传教时，遇到了强敌被迫逃离到此处。
大伙见当地的水草河流适合居住于是就留了下来，但因为时有野猪出没，所以就称这为"牙通古孜"。在被发现之前，牙通古孜的人们一直过着日出而作日落而息，耕种的生活，他们的水源是由昆仑山上的积雪融化之后流到此处，在牙通古孜汇集成了一条河流，这就是是他们日常生活用的水源。
牙通古孜被发现之前这里就是一个与世隔绝的"原始村落"，近千年都没有被发现，直到1993年修建第一条沙漠公路的时才被发现。据说工程师们为了保障工程质量，于是扩大了十里范围进行勘探，这才意外发现了这个被隔绝的小村落。后来为了方便管理，牙通古孜被分配给了一个牧场管辖，当地人这才逐渐接受外来文化。
相传牙通古孜的人听说要要修建沙漠公路，打听后才知道公路距离村子只有不到20公里的路，于是当地300多户村民一起恳求工程师，希望能把路修进牙通古孜村。最终，工程队把一条崭新的柏油路修进了村子，甚至还不忘给当地人建设抗震瓦房。现在过去旅游的人，还能看到"吃水不忘挖井人"的标语对联。
牙通古孜村有着"中国沙漠第一村"的称号，是新疆最小的一个乡镇，距离最近的县城民丰县150公里，骑骆驼都要一个礼拜。正因如此大家很少出门，甚至不知道外面的世界是什么样子的，信息十分落后，很多人一辈子都没有出过牙通古孜。路通了以后大家也都十分有默契，都没有过多的打扰当地人的生活，只是给他们提供了一些生活中的便利物品，吃的用的都有，从没想去改变他们的生活轨迹。
当地人依靠他们的生存河流，并借助了当地的地理环境和气候，于2004年注册了黑皮甜瓜的商标，依靠绿色产业让自己的村庄日渐富裕起来。他们精心打包，把甜瓜打入农贸市场以及出口东南亚部分国家，受到了大家的欢迎，都说要致富先修路，只要路通了一切都会变得好起来的，牙通古孜村用实际行动应证了这句话。最后还得再夸夸我国的冶沙工程，不然谁会轻易踏足环境恶劣的沙漠呢？如果不是细心负责的工程师，谁又会发现牙通古孜的存在呢？
