噶尔丹杀掉车臣后，他并没有把本该继承汗位的僧格长子、也就是自己侄子的策妄阿喇布坦推举为“大汗”，而是自己直接当上了厄鲁特的第四代“大汗”。
噶尔丹
噶尔丹，由于出生后就被认定为藏传佛教格鲁派高僧第三世温萨活佛罗卜藏丹津札木措的转世，因此就奠定了他显赫的宗教地位。顺治九年（1652），噶尔丹9岁时，就以“温萨活佛”名义向清帝派遣使团。从这件事情就可以看出，从童年时代起，他就在卫拉特蒙古政教事务中发挥着举足轻重的作用。噶尔丹13岁入藏，投在**、班禅门下学经，深受二人赏识。根据梁份《秦边纪略》记载：
“**喇嘛之徒遍西域，而特重嘎尔旦（噶尔丹），所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻”。
当时的格鲁派之所以看重噶尔丹，也是有利益在其中。格鲁派首脑希望噶尔丹日后能够在未来蒙古**中扩大黄教的影响，而噶尔丹则想借助**喇嘛在藏地、蒙地的巨大影响，以图重新建立起统一的蒙古帝国。由此，噶尔丹从西藏返回准噶尔部之后，他既有贵族的身份，又有活佛的身份。而后，加上他过人的胆识和毅力，逐步统一了卫拉特各部，南并回疆，西扩哈萨克，攻无不取，战无不胜，攻取降服1200余城，逐渐成为与清朝对峙的强大部落政权。
清朝入关之后，主要精力放在中原地区和中国的南方地区，鲜有精力经营西北。而准噶尔所在的西北地区，不仅仅与俄国接壤，还与印度、缅甸、尼泊尔、不丹、锡金等国接壤，又与今天的青海、四川、云南等省份相连。所以，准噶尔政权所在的地理位置，不容清朝政府小觑。
清朝对明朝原有地区的攻略，只用了20年就基本大功告成。而对于准噶尔部族地区的统一，竟然整整经历了三代君主、用了一个世纪的时间才得以完成！
公元1644年，清政府入主北京，从此清朝就成为理所当然的中央政权。当时，青海、西藏地区以顾实汗为首的厄鲁特诸部，很快就向清朝奉表，表示服从清朝大皇帝的统治。顺治三年（公元1646年），准噶尔首领巴图尔珲台吉也遣使入贡。此时的清朝，没用任何实际管理准噶尔游牧地区的意图，只要准噶尔部表示了臣服，自然清廷也回书赠物，由此皆大欢喜。此前，皇太极已经征服了漠南蒙古各部，西藏的五世**和四世班禅也随和硕特蒙古都表示臣服。
五世**
到康熙时期，漠南蒙古归顺清朝，漠北蒙古、表示臣服，但惟独漠西蒙古和清朝关系相对比较疏远，来往不是很多。康熙帝亲政之后，智擒鳌拜，继之平定吴三桂为首的三藩起事，根本无暇估计西北的噶尔丹势力。后来，得知噶尔丹进攻青海的和硕特部蒙古之时，康熙帝才派人警告对方不要继续攻打。
由于害怕噶尔丹在青海和甘肃一带的军事行动影响刚刚平定的陕甘局势，清廷也不敢特别激怒噶尔丹，只是充当一个调停者的身份，希望噶尔丹和喀尔喀蒙古和好，不要再互相攻击。
四世班禅
由于肃州境内涌入不少躲避噶尔丹战祸的蒙古各部庐帐万余落，康熙帝当时还不知道这些人是被噶尔丹击败的和硕特蒙古人，以为这些难民就是准噶尔部落的人，所以下令当地边将不要妄杀这些穷困来投的蒙古人，指令大将张勇从兰州移镇甘州，加强防卫，密切注视这些蒙古人的一举一动，防止他们轻举妄动。
不久，有谍报称，噶尔丹将要率领大军进攻青海，康熙帝为此非常紧张，严令边将调查噶尔丹的出兵方向，在边境地区严兵守卫。其时，当时的许多蒙古部落往青海方向移动，这些人根本不是噶尔丹所率领的准噶尔部队，而是被噶尔丹击败的和硕特部蒙古人。这些难民仓惶四走，致使清廷间谍以为这些残兵败将是噶尔丹大军。
后世不少学者，为了夸示康熙帝的仁德，总是赞扬他出于仁政考虑不对准噶尔进行主动攻击，其实，康熙帝当时不是不攻击，而是当时不能攻击——清廷正被吴三桂三藩势力整得焦头烂额的，哪里顾得上西北的准噶尔呢。
康熙十八年（公元1679年）秋，噶尔丹忽然派人到清廷“贡献”方物，告知说，噶尔丹本人已经得到了五世**喇嘛册封为“博硕克图汗”，其本意在于向清廷炫耀噶尔丹和**喇嘛的亲密关系。按理说，西藏是清朝的藩属，五世**喇嘛册封噶尔丹应该提前向清廷报告。由于当时清廷正忙于三藩战事，对此也没用刻意明白追究，只得默许**喇嘛对噶尔丹的册封，继续对准噶尔部落施行怀柔政策。
作为游牧民族的准噶尔汗王噶尔丹，在持续的扩张中日益兵强马壮。他统一了厄鲁特蒙古诸部以后，又出兵南疆，将原本属于成吉思汗第二子察合台汗国的广大疆域划入他的势力范围，还将已经改信伊斯兰教的南疆首领囚禁在王城伊犁。由此，准噶尔人就控制了天山南北。
仰仗着天山南部丰富的资源和税收，噶尔丹实力迅速增强。
而此时的康熙帝呢，已经基本平定了三藩起事，并在康熙二十一年（公元1682年）派出10个使团向外藩诸部“报捷”，真实意图，就是要炫耀清廷的战功，安抚诸部。而在这10个使团中，也有一个使团是专门派往准噶尔部的。
而后，在收复台湾、一统四海之余，康熙帝开始密切注视东北方向俄国的一举一动，对于和俄罗斯勾勾搭搭的准噶尔更加警惕，下令限制噶尔丹来京的使团人数，对于准噶尔和清朝之间的贸易也加以一定的限制。但从总的方面看，当时的康熙帝对准噶尔还是以安抚为主。
